Politkovskaya được tìm thấy chết trong thang máy của dãy nhà có căn hộ của bà tại trung tâm Moskva ngày thứ Bảy 7.10.2006. Bà bị bắn 2 phát vào ngực, một phát vào vai và một phát vào đầu ở cự ly rất gần.[44] Đám tang được tổ chức ngày thứ Ba 10.10.2006, vào lúc 2 giờ 30 chiều tại Nghĩa trang Troyekurovskoye.

Trước khi hạ huyệt, trên một ngàn người đã xếp hàng một đi qua trước quan tài của Politkovskaya để chào và tiễn biệt bà lần chót. Trong số đó có nhiều đồng nghiệp, các nhân vật công cộng và những người hâm mộ công việc của bà, nhưng không có các quan chức cấp cao của Nga.[45] Bà được an táng ở gần người cha, mới qua đời trước đó ít lâu. (Mộ của nhà báo Dmitry Kholodov bị giết cũng trong nghĩa trang này). Đã có phản ứng quốc tế rộng rãi về vụ sát hại Anna Politkovskaja. Một số đồng nghiệp và bạn bè của bà đã buộc tội giới chức chính quyền Nga đã làm ngơ, không làm gì để ngăn ngừa việc giết bà, hoặc thậm chí còn thực sự dính líu trong vụ ám sát này.

Tháng 5 năm 2007 một bộ sưu tập các bài báo di cảo của Anna Politkovskaja nhan đề With Good Reason, đã được tờ Novaya gazeta xuất bản và đưa vào Quỹ Gorbachev tại Moskva (xem Thư mục Nothing But the Truth, 2010). Sự kiện này xảy ra ngay sau khi đứa cháu gái mới nhất của Anna được sinh ra: cô con gái của Vera được đặt tên là Anna để vinh danh bà ngoại. Vài tháng sau 10 người đàn ông đã bị bắt giữ, bị tình nghi là đã tham gia vào vụ sát hại Politkovskaya ở nhiều mức độ khác nhau.[46] Bốn người trong số họ đã bị đưa ra Tòa án quân sự Moskva trong tháng 10 năm 2008.

Vụ xử án

Ba người bị buộc tội đã tiếp tay trực tiếp cho kẻ giết Politkovskaja (được cho là, người anh của 2 người trong số họ). Không có đủ bắng chứng để buộc tội người thứ tư - một đại tá Cơ quan An ninh Liên bang Nga - mặc dù ông bị tình nghi là giữ vai trò lãnh đạo trong tổ chức đó; cùng lúc đó ông ta bị xét xử về một tội khác. Vụ này được xét xử trước một bồi thẩm đoàn (hiếm có ở Nga)[47] và - theo yêu cầu khăng khăng của bồi thẩm đoàn – phiên tờa đã mở cho báo chí và công chúng vào tham dự.[48][49][50]

Ngày 25.11.2008, đã có tin nói là vụ giết Politkovskaja có thể do một chính trị gia trong nước Nga ra lệnh. Murad Musayev, một luật sư bào chữa cho các bị cáo trên, đã nói với các nhà báo rằng các lời ghi trong vụ án – như một trong các giải thích làm sáng tỏ tội phạm – đã nêu rằng một chính trị gia có cơ sở ở Nga (nhưng không nêu tên trong các lời ghi đó), đã đứng đàng sau cái chết của bà.[51][52] (Năm 2007, tổng công tố viên Yury Chaika đã ám chỉ rằng doanh nhân Boris Berezovsky đã nhúng tay vào vụ giết người này).[cần dẫn nguồn]

Ngày 5.12.2008, Sergei Sokolov, một biên tập viên cấp cao của tờ Novaya Gazeta, đã làm chứng trước tòa án rằng ông đã nhận được thông tin từ các nguồn mà ông sẽ không nêu tên cho biết rằng bị cáo Dzhabrail Makhmudov là một nhân viên mật vụ của Cơ quan An ninh Liên bang Nga, ông nói rằng Lom-Ali Gaitukayev – chú của Makhmudov - người đang bị tù 12 năm vì âm mưu giết một doanh nhân người Ukraina, cũng làm việc cho Cơ quan An ninh Liên bang Nga.[53][54]